Joseph Heenan, der Mitbegründer von Proteineer erklärt uns im Hot Seat Interview was das Faszinierende und Nützliche an einer KI-gesteuerten Informationsverarbeitung im Bereich der Biotechnologie ist.

Das englischsprachige Interview wurde mittels deepl.com übersetzt.

Lieber Joseph, als Mitgründer von Proteineer haben Du und dein Team sich das Ziel gesetzt, das Protein-Engineering zu transformieren. Kannst Du unseren Lesern Proteineer vorstellen, sowie das Team dahinter und was ihr genau tut? 

Danke! Wir sind eine Gruppe von Informatikern und Biologen, die Ende 2021 die entscheidende Einsicht hatten, dass KI und Big Data den Bereich der industriellen Biotechnologie verändern würden, und sich daran machten, Tools zu entwickeln, die die Forschung und Entwicklung auf dem Gebiet der synthetischen Biologie beschleunigen. Wir haben uns auf die Entwicklung einer Suchmaschine konzentriert, die Biologen hilft, die besten Gene für ihre gewünschten Wirtsorganismen und Produkte zu finden. Wir bieten auch bioinformatische Beratungsdienste an, um bei schwierigen Protein-Engineering-Projekten zu helfen. 

Wodurch zeichnet sich eure Plattform aus? 

Unsere GeneStore-Plattform wurde von Grund auf von und für Biologen entwickelt und ist sowohl funktionsreich als auch erschwinglich. Wir sind das einzige Unternehmen, von dem wir wissen, dass es über 4 Milliarden Proteine in einer durchsuchbaren Datenbank integriert hat. Darüber hinaus sind wir das einzige Unternehmen, das über die „Spitze des Eisbergs“ hinausgehen und tief in die Petabytes von Daten blicken kann, die auf der SRA gespeichert sind, um homologe Gene zu finden, die zuvor möglicherweise übersehen wurden. Darüber hinaus machen unsere KI-gesteuerten Funktionen für Strukturaufbau und -vergleich, Thermostabilitätsvorhersage, E. Coli-Expressionsvorhersage, Substrat-Docking-Vorhersage und Molekulardynamiksimulation, die alle direkt in die Suchergebnisse integriert sind, unsere Plattform wirklich einzigartig.  

Mit unserer Plattform erhalten Sie mit nur wenigen Klicks deduplizierte Ergebnisse aus Dutzenden von Metagenomik-Datensätzen, geordnet nach Strukturähnlichkeit, Sequenzähnlichkeit, Docking, MD oder sogar Ihrem eigenen Modell oder einer beliebigen Kombination der oben genannten. Darüber hinaus integrieren wir Patentdaten, um Ihnen bei der Erstellung von Freedom-to-Operate und Clustering zu helfen, damit Sie Ihre Experimente optimieren können.  

Vor kurzem konntet ihr den offiziellen Start des vom BMBF geförderten Forschungsprojekts biofactur-e zelebrieren. Kannst Du uns etwas mehr über die Zielsetzung des Projekts erzählen? 

Insgesamt konzentriert sich das Projekt auf die Umwandlung ungenutzter CO2-Abfallströme in hochwertige Proteine, die für die Tierernährung oder andere Anwendungen genutzt werden können. Wir sind innerhalb des Konsortiums für eine Reihe von bioinformatischen Diensten verantwortlich. Unser GeneStore wird genutzt, um Gene zu finden, die bei jedem Schritt der komplexen Stoffwechselwege helfen können, die entwickelt werden müssen, um diese Umwandlung wirtschaftlich machbar zu machen. 

Gibt es noch etwas, was Du unseren Lesern mitteilen möchten? 

Für eine begrenzte Zeit bieten wir allen, die über das Chemie Cluster Bayern mit uns in Verbindung stehen oder von uns erfahren haben, eine kostenlose Testphase an. Wir nehmen Ihre Suchanfrage entgegen, arbeiten daran, Ihre Ziele zu verstehen, und zeigen Ihnen, wie unsere Plattform Ihnen helfen kann, ein besseres Gen für die rekombinante Expression zu finden. 

Joseph Heenan ist Mitgründer von Proteineer und hat über 15 Jahre Erfahrung in der Softwareentwicklung. Außerdem arbeitete er bereits in Fortune 100 Firmen aber auch in Führungspositionen in 3 Startups.